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迟到扣工资是否合法。是没有法律明确规定。主要依据如下：
1、迟到，属于缺勤，只是缺勤的时间较短，迟到的时间没有劳动，不发给报酬符合法律规定。无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。
2、对迟到工资的具体扣发，法律没有明确规定，可由用人单位依法制定的规章制度规定。所谓用人单位依法制定的规章制度，是指制度经过全体职工讨论、制定过程中有工会和职工代表参与，且经过公示，内容合法。
3、1982年国务院颁布施行的《企业职工奖惩条例》第十一条、第十二条规定了企业的罚款权，这是我国劳动法律关系中对企业职工罚款的直接法律渊源。然而，《企业职工奖惩条例》已经在2008年1月15日废止。就是说，2008年1月15日以后，用人单位已经不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款了。
4、可现实中很多用人单位仍然在规章制度中赋予自己对员工罚款的权利，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。理由有二：
（1）、首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾;
（2）、其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
相关法律条文参考：
1、我国《劳动法》第4条规定：“用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。”
2、最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第19条规定：“用人单位根据《劳动法》第4条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。”
3、2008年1月1日起实施的《劳动合同法》第4条规定：
（1）、用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
（2）、在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
扩展资料：
如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。
1、一是要经职工讨论。
2、二是公示或者告知职工。
3、三是不得违反法律法规的规定。
以下5点公司不得扣员工工资：
1、员工没有按时完成工作任
（1）、很多公司会与员工签订这样的协议或者写入公司规定:如果员工没有按时完成工作任务，比如说好的卖出多少东西没做到，就按一定的比例扣除员工的工资。
（2）、这种协议是不具有法律效应的，《劳动法》规定：只要员工提供了正常的劳务，并且在劳动中无懒散等不良行为，公司就不能对员工罚款，应该全额发放工资。
2、员工因不可抗因素迟到早退
员工无故迟到早退旷工公司当然是可以根据规章罚款，但法规规定：员工因不可抗因素（例如地震、水患、火灾等）而出现上述行为时，公司不能克扣员工工资。
3、员工辞职未提前一个月通知
如果员工的“通知离职日期”没有比“拟离职日期”提前一个月，公司应该根据实际情况处理，但无论如何不能以此为由克扣员工工资。
4、女员工孕期频繁请产检假
（1）、很多公司都规定了产假的期限，一般都比较充足。但一些不成熟的小公司没有相关规定，当女员工孕期要频繁请假去检查时，有的老板就开始犯嘀咕了，想以员工请假次数太多来扣工资，这也是不合法的。
（2）、《女职工劳动保护特别规定》规定：孕期请假检查不但不能扣工资，公司还应该将这些时间计入该女员工的劳动时间，算正常出勤，不能按病假、事假、旷工等来处理。
5、员工被“强行”捐赠
有的公司会和一些公益组织合作，或者经常自己搞一些公益活动，捐款捐物。也会号召员工捐款，并直接从工资扣除，这更是不合法的。《公益事业捐赠法》规定：员工有权自行决定是否捐款以及捐款的数额，并且应自行处理捐出的财物，公司不能直接从员工工资里扣除。
百度百科：企业职工奖惩条例
百度百科：劳动法
百度百科：中华人民共和国劳动合同法
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