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草菇栽培于高温、高湿的季节，这时最适宜病菌、害虫、杂菌生长繁殖。由于草菇生长发育的速度快，栽培周期短，即使在栽培初期病菌和杂菌就开始发生，待繁殖蔓延到危害的程度时，草菇栽培已接近结束。此外，草菇属于草腐型真菌，木腐类杂菌较难生长，因此，青霉、绿色木霉、链孢霉、毛霉、根霉、曲霉等都较少发生。唯有鬼伞是草菇栽培的主要杂菌。
鬼伞属于竞争性杂菌，往往丛生于稻草堆上，生长速度比草菇还快，4～5天便可长出鬼伞，朝生暮死。它的危害是与草菇竞争养分。培养料过湿、过酸、通气不良易生鬼伞。
防治措施如下：
（1）培养料要求无霉变，使用前最好在烈日下暴晒1～2天。
（2）堆草前用1%～2%石灰水浸泡稻草，一方面可杀死杂菌，另一方面可软化秸秆。
（3）适当增加播种量，使草菇菌丝尽快占满菌床，发挥群体效应，抑制鬼伞生长。
（4）草菇菌丝生长时，如有鬼伞发生，可用5%石灰水进行局部消毒，菌床上一旦长出鬼伞就应及时摘除，不可等到鬼伞菌盖潮解后才摘除，摘除后的鬼伞及时带出菇房掩埋或烧毁。
（5）采用二次发酵法栽培草菇，可有效地控制鬼伞发生。
目前，草菇栽培的生物学效率较低，通常为10%～15%，最高仅50%左右，而且产量稳定性较差。这可能与草菇本身的种性有关。但若生物学效率低于8%，那可能是栽培管理措施不当，必须查明原因。
造成草菇低产、绝收的原因较多。第一，与培养基有关。就目前的栽培情况讲，棉籽壳和废棉产量较高，其次为稻草配合棉籽壳，稻草的产量属中下水平。若用蔗渣作培养料，需添加适量的麸皮。第二，与菌种质量有关。目前市场上的菌株，有好有坏，混杂不清。应用比较广泛的有V23、V2、V5等菌株。菇农在选购菌种时最好是向科研单位或大专院校的菌种厂购买，质量较有保证。第三，与栽培方式有关。室外堆垛法产量最低，二次发酵室内栽培产量最高。第四，与栽培管理技术有关。若播种不均匀，易产生球菇（群菇）；温度波动太大，易造成大量小菇蕾死亡，在针头期切勿喷水，否则也会造成小菇蕾枯黄；草菇的呼吸强度是蘑菇的6倍，在出菇阶段，要保持室内空气清新，否则会提早开伞；采收方法需得当，应小心采菇，避免碰到周围的小菇，否则这些小菇就会枯死。此外，堆垛法栽培草菇，由于菌丝的分解以及堆内微生物的发酵，会使料堆向下塌陷，使菌丝损伤，影响产量。因此，堆宜宽不宜高。第五，无论采用何种栽培方式，不同的草菇菌种（菌株），绝不能混播在同一堆培养料中，否则出菇甚少，甚至颗粒无收。这是因为不同菌株间会产生拮抗作用。第六，病虫害。在草菇栽培料上易长出大量的鬼伞，与草菇争夺养分；虫害主要是螨类和菇蚊幼虫，食菌丝及子实体。
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